Eine mögliche Therapie von Erkrankungen, die durch Nahrungsmittelallergien ausgelöst werden, ist das konsequente Vermeiden des entsprechenden Lebensmittels. Dabei ist es wichtig zu wissen, dass auch sehr geringe Spuren davon schon bei manchen Patienten die alten Symptome auslösen können. Das bedeutet, dass man Etiketten und Packungsaufschriften sehr genau lesen muss, ob nicht doch ein weizenhaltiges Stärkemittel oder Milchpulver beigefügt ist (bei entsprechender Allergie). Auch ein Roggenbrot kann Weizen enthalten.
Die bei einer Nahrungsmittelallergie immer begleitend vorliegende Darmfehlbesiedlung (Dysbiose) muss mit behandelt werden (Symbioselenkung).
Um die krankhafte Darmflora wirkungsvoll zu beseitigen und die körpereigene wieder aufzubauen, werden üblicherweise Präparate aus dem Bereich der Naturheilkunde verordnet.
Begleitend kann es je nach Befund sinnvoll sein, die Darmflora mittels Darmkeimen unterstützend langsam aufzubauen.
Gleichzeitig muss die Ernährung überdacht und eventuell dauerhaft umgestellt werden.

Falsche Ernährungsgewohnheiten können ebenso wie eine Nahrungsmittelallergie eine Darmfehlbesiedlung (Dysbiose) auslösen bzw. unterhalten.
Liegt ein Pilzbefall des Darms vor, wird man während der Zeit der Pilzbehandlung kurzfristig zusätzlich zu o. g. Ernährungsregeln folgende Dinge meiden müssen: Trockenfrüchte, rohes, sehr süßes Obst (Weintrauben, Bananen, Pfirsiche, etc.), Zucker in jeder Form (auch Fruchtzucker, Honig etc.). Alkohol und Weißmehl werden vom Pilz Candida albicans besonders gerne "gegessen" und bieten ihm die Lebensgrundlage schlechthin. Nahrungshefe hat mit den Darmhefen nur den Namen gemeinsam – besteht keine Nahrungshefeallergie, kann sie verwendet werden. Bei einer Pilzbesiedlung des Darms sind Rohkost und volles Korn mit ihren Ballaststoffen ideal geeignet, die besonders zwischen den Darmzotten sitzenden Hefenester mechanisch auszuräumen.
Eventuell kann es zusätzlich sinnvoll sein, die Darmzotten mit Hilfe einer "Leber-Gallen-Darm-Reinigung" zu entschlacken und diese von alten "Gallen- und Glutensteinen" zu befreien.

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